《刺客信条: 起源》耶克必须寻找阿波罗多罗斯在法尤姆的线人，才能揭发他下一个目标“鳄鱼”的身份。法尤姆已经被一系列的经济腐败与暴力压迫所击溃。埃及人的土地与文化都被剥夺，而这一切都笼罩在“鳄鱼”的阴影之下。