《使命召唤：黑色行动3》的故事发生在未来世界，社会所担心的诸多问题已成为现实：环境的变化和能源短缺导致各国战乱频繁等等。同时，在未来战场上随着自动机械化的发展，无人机和机械化士兵占据了主导地位，而超级士兵们虽然战斗力极强，但人性也随之逐渐泯灭。