故事模式方面将于《究极风暴：世代》相同，并无主线剧情，而是以章节故事的形式展开。故事包含三个章节：两个宇智波之章、晓之创立之章、遥远希望之章，三个章节均为原创故事，岸本齐史亲自监制。