故事的主角戴斯蒙德·迈尔斯因为拥有阿萨辛祖先的基因记忆，所以被当代的圣殿武士组织Abstergo绑架，利用记忆回溯仪器Animus读取戴斯蒙德阿萨辛祖先的记忆，并借此找出伊甸残片的所在，进一步使用这些神秘物件的力量统治世界。