《尼尔：伪装者ver.1.22474487139...》的故事发生在未来，主要讲述的是一个少年拯救自己妹妹的故事。在这一过程中玩家将一步步了解这个遍布着恶疾以及异形怪物侵扰的世界。这游戏设定中，人类这时候都已经快要灭绝了。

《尼尔：伪装者》背景故事介绍：

故事发生在非常、非常遥远的未来。

人类即将灭亡。

世界受到黑色恶疾与

异形怪物的威胁。

善良的少年，

与年幼的妹妹立下约定。

那是横跨千年岁月、近乎永恒的谎言。