《三国战记正宗2009手机版》中最大的改变便是将BOSS怪的出场几率变得更加频繁，不过强度有所降低，并且将BOSS左慈改为暗黑诸葛亮，这也是该版本中最大的挑战。另外游戏一改之前切换角色的复杂操作，而改用简单的跳A，从此玩家可以在切换人物的瞬间也能打出连续技。游戏中继续沿用了以前的道具，不过道具的掉落的以往的要更多。