《最终幻想2手机版》在皇帝带领下，帝国军四处侵略，他们破坏了主角们的家乡，并且主角之一的雷恩哈特被皇帝抓走。之后主角们在与帝国军暗地里对抗的原菲茵城的起义军一起作战，先后取得兵器矿石米斯里鲁，炸毁大战舰，取得究极魔法，期间牺牲了数个战友，最后4人奋力杀进皇帝的大混乱城，消灭了引起战乱的罪魁祸首。