《口袋妖怪:珍珠手机版》冒险过程中收集口袋妖怪，并且培养其逐渐成长，之间会发生很多事件。主角使用被称为精灵球的道具，捕捉野生的口袋妖怪，捕捉到的妖怪可以作为伙伴一起冒险，口袋妖怪珍珠的故事发生在一个新的大陆上，不过游戏中收录的口袋妖怪都是来自之前的作品。